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三大類微生物主要指以下三類：

1.非細胞型微生物

非細胞型微生物為形體最小，以納米（nm）為測量單位，結構最為簡單，僅含有一種核酸RNA或DNA，或僅為傳染性蛋白粒子，具有超級寄生性，僅在活的易感細胞中才能復制，且易變異的最低等生物體，包括病毒、朊粒等。

2.原核細胞型微生物

原核細胞型微生物為單細胞微生物，大小以微米計，其細胞分化不完善，無完整細胞核及核膜、核仁，核質（或稱擬核）由胞質內聚積的雙鏈螺旋結構DNA和RNA構成，胞質內有核糖體，但缺少內質網(wǎng)、線粒體等細胞器。此類微生物包括細菌、支原體、衣原體、立克次氏體、螺旋體和放線菌等6類。

3.真核細胞型微生物

真核細胞型微生物（真菌）為多細胞或單細胞微生物，其細胞分化完善，有細胞核和各種細胞器，故易在體外生長繁殖。

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